1、蓄電池與起動機維護成本較高：

頻繁的啟停發動機，會對相關部件，如起動機和蓄電池造成損害。雖然帶有自動啟停系統的車都會采用增強型啟動機和蓄電池，但實際使用中，它們的故障都會高于未搭載自動啟停系統的普通車輛。

2、用戶體驗較差：

各個品牌的不同車型，自動啟停系統的設計也不同。一些車型的啟停邏輯不是很好，介入時間拿捏不準，有時候長時間停車啟停系統沒有動作，而在收費站刷卡時輕輕一腳剎車卻讓它不請自來。另外，啟動時噪音和震動較大，也是乘坐者最為詬病的一項缺點。

3、堵車更費油：

如果遇上嚴重堵車，發動機停止工作的時間較長，燃燒室溫度降低，未完全燃燒的碳氫氧化物和石蠟會形成積碳附著在氣缸內壁。如果油品不好，情況會更嚴重。積碳會令油耗變高、動力變弱，本是為降低油耗設計的自動啟停功能，反倒增加了油耗。

啟停系統的工作原理是，當車輛因為擁堵或者路口停止行進。駕駛員踩下制動踏板，停車摘擋。這時候，Start/Stop系統自動檢測：發動機空轉且沒有掛擋；防鎖定系統的車輪轉速傳感器顯示為零；電子電池傳感器顯示有足夠的能量進行下一次啟動。

滿足這三個條件后，發動機自動停止轉動。而當信號燈變綠后，駕駛員踩下離合器，隨即就可以啟動“啟動停止器”，并快速地啟動發動機。在自動擋車型上，只要一松開剎車，或者轉動方向盤，發動機又會馬上自動點火，立即又可以踩油門起步，整個過程都處于D檔狀態。