虎門大橋建成初期采用開放式收費方式收費，主線收費站位于南沙，共有40條收費車道。2005年12月19日，虎門大橋主線收費站撤銷，虎門大橋的收費方式由開放式轉變為封閉式，使珠江口東岸的廣深高速公路、虎崗高速公路、莞深高速公路與西岸的中鶴高速公路、廣澳高速公路、西部沿海高速公路六條高速公路實現聯網收費。\x0d\x0a\x0d\x0a\x0d\x0a虎門大橋按汽車類別收取不同的通行費，分為一類、二類、三類、四類和五類共5個收費檔次。太平至威遠(未跨江)橋段的收費標準分別為人民幣10元、15元、20元、30元和35元；太平至南沙(跨江)分別為40元、60元、80元、120元和130元；太平至亭角(跨江)分別為40元、60元、80元、120元和140元。\x0d\x0a\x0d\x0a\x0d\x0a隨著超限超載車輛與日俱增，虎門大橋早已不堪重負。為保證大橋安全，省公路建設公司表示，虎門大橋公司結合原有收費廣場的實際情況，在莞佛高速虎門大橋段雙向共設立了15條貨車超限檢測車道(東行7條、西行8條)，并添設了電子感應磅、執法計算機、執法室等一系列治超硬件裝備，對貨車與小客車實行主線與治超專用道的分離，“\x0d\x0a也就是說，從7月28日開始，每一輛要上虎門大橋的貨車都必須接受檢查，如果被查到超限超載，司機必須就地卸載超重貨物，同時交管部門還將對司機進行處罰。