汽車使用甲醇燃料有以下四個壞處：

1、甲醇燃料有毒性，會刺激眼睛結膜，也會通過呼吸道，消化道和皮膚進入人體，刺激神經，造成頭暈，頭疼，惡心，視力障礙和代謝酸中毒等，在后階段發生嚴重腹部疼痛，最后可能導致失明，甚至死亡。

2、甲醇燃料有腐蝕性甲醇可作為溶劑，具有一定的腐蝕性。另外，醇與汽油的混合燃料對橡膠，塑料的溶脹作用比單獨的醇或汽油都強。為此，需要研制專用的甲醇燃料潤滑油和腐蝕抑制劑。

3、熱值低，甲醇的熱值只有汽油的48%，要行駛同樣的里程，所需燃料容積要大，甲醇盡管熱值較汽油小得多，但由于含氧量較高，其理論混合氣熱值與汽油接近，因此，甲醇可以作為汽油發動機燃料使用，而且其動力性可以接近使用汽油的發動機。

4、甲醇汽油易分層。甲醇汽油的穩定性主要取決于混合液中的水分，當水分達到一定含量時，甲醇會從基礎汽油中分離，因此，使用甲醇汽油需要加助溶劑嚴格控制水分。

用甲醇代替石油燃料在國外已經應用多年，甲醇汽車控制系統技術都已經很成熟，與乙醇一樣，甲醇的熱值低，但是辛烷值高，也含氧，燃燒甲醇也需要使用專門的發動機。

但是與乙醇不同的是甲醇本身有毒性，對有色金屬有腐蝕作用，對橡膠件有溶脹作用，所以必須對發動機以及車上的燃料輸配系統進行針對性設計。

甲醇汽車由于也有冷起動的問題，所以甲醇用于汽車也多以與汽油混合的形式。最常見的是M85，就是85%的甲醇和15%的汽油的混合溶液。